La Biofonderie de Paris est divisée en plusieurs parties travaillant dans des domaines complémentaires :
La Biofonderie ADN et Microbe
C’est là que les parties d’ADN sont assemblées pour soutenir tous les projets, et que les châssis microbiens sont modifiés et phénotypés.
La Biofonderie Mammalienne
Ce site est dédié à l’ingénierie de lignées cellulaires mammaliennes et au phénotypage à des fins médicales et de recherche.
La Biofonderie Acellulaire
Cette plateforme réalise des expériences sans cellule et développe des solutions logicielles pour soutenir tous les projets.
La Biofonderie Industrielle
Ce site est responsable du développement des capacités de mise à l’échelle et des collaborations industrielles.