Les équipements de la Biofonderie de l’Alliance Sorbonne Université

20L Photo-bioreacteur

D’origine de Synoxis Algae, il s’appelle LUCY. C’est un système tubulaire qui utilise la technologie de levage par bulles pour assurer le mélange. Il fonctionne à des températures variant de 15 à 35 °C et est contrôlé en pH par aération de CO2. L’intensité lumineuse peut atteindre jusqu’à 600 µmol/m²/s, avec un régime lumineux personnalisable. La croissance est surveillée à l’aide d’un densimètre à 880 nm.

Emulsiflex

Il provient d’Avestin, modèle C3, et est un homogénéisateur conçu pour briser les cellules en suspension à l’aide d’un système semblable à un presse-française. Il peut fonctionner à des pressions allant jusqu’à 2000 psi, lysant les cellules avec une oxydation minimale, car il n’y a pas de contact avec l’air et avec un échauffement minimal. Le volume de l’échantillon varie de 10 mL à environ 200 mL.

Sélecteur de cellules

Il s’agit de la version à 4 lasers du CytoFLEX SRT de Beckman. Il possède une ouverture de 100 µm, de sorte que les cellules de plus de 50 µm ne sont pas acceptées pour éviter le colmatage. Il trie à partir de tubes de 5 mL (jusqu’à 1 mL est possible) vers une plaque de 96 puits pré-remplie ou 4 tubes. Le tri est basé sur la diffusion avant et latérale, ainsi que sur la fluorescence (Ex : 405, 488, 561, 638 nm / Em : 450/45, 525/40, 585/42, 610/20, 660/10, 675/30, 690/50, 710/50, 712/25, 780/60 nm).

QPCR

Cet équipement est utilisé pour la PCR quantitative basée sur la fluorescence. Il s’agit d’un QFX Opus 96 de Bio-Rad (CH1 : 450-490 nm / 515-530 nm, CH2 : 515-535 nm / 560-580 nm, CH3 : 560-590 nm / 610-650 nm, CH4 : 620-650 nm / 675-690 nm, CH5 : 672-684 nm / 705-730 nm) et il est compatible avec la plupart des fluorophores couramment utilisés.

Opentron

Un robot de pipetage open-source équipé d’une pipette à 8 canaux et de 11 positions de plateau SBS pour automatiser des protocoles simples et standards. Il est doté d’un système sous vide pour les purifications basées sur des colonnes. Le robot est compatible avec le matériel de laboratoire standard et dispose d’un logiciel flexible, y compris une API Python, ce qui le rend hautement personnalisable. Il peut rapidement remplir une plaque de 96 puits en aussi peu que 22 secondes, garantissant un haut débit pour diverses applications de laboratoire.

Cinétique de fluorescence

Le Walz Imaging PAM Maxi est un système polyvalent pour l’analyse de la fluorescence de la chlorophylle, offrant des informations détaillées sur l’efficacité photosynthétique. Il utilise une longueur d’onde d’excitation de 450 nm et prend en charge l’excitation par impulsion modulée et la lumière actinique pour des mesures photosynthétiques précises. La caméra utilisée est la caméra CCD IMAG-K6, qui dispose d’un capteur de 2/3″ avec une résolution de 1392 x 1040 pixels, offrant une grande sensibilité et une qualité d’image élevée pour l’imagerie de fluorescence. Cet équipement est idéal pour analyser les variations spatiales et temporelles de l’activité photosynthétique.

Sélecteur de colonies

Il s’agit d’un QPIX 420 de Molecular Devices, équipé d’une caméra pour sélectionner des colonies en fonction de la lumière blanche ou de la fluorescence. Il prend en charge différents types d’aiguilles pour s’adapter à différentes textures de colonies et peut re-ensemencer des colonies sur jusqu’à deux plaques de destination, organisées soit en format agar, soit en format 96 puits. Le système détecte la hauteur de l’agar et est compatible avec les Omnitrays et les plaques circulaires de 90 mm.

Biolistique

C’est un Bio-Rad PDS-1000/He, qui propulse des particules d’or de 0,6 µm à haute vitesse sur une plaque de pétri sous vide. Ce système peut être utilisé pour la transformation génétique tant des organites que du noyau. Nous utilisons actuellement des disques de rupture de 1100 psi, mais d’autres options allant de 450 à 1800 psi sont disponibles à l’achat.

Electroporateurs

Nous disposons de plusieurs électroporateurs, allant du classique Gene Pulser II de Bio-Rad au Neon NXT de Thermo Fisher et au Nepa21 de NepaGene. Chaque système possède ses propres caractéristiques spécifiques en termes de capacité de volume, de types de pulse et de réglages de tension, garantissant que l’un d’entre eux répondra à vos besoins.

·  Gene Pulser II (Bio-Rad): Il gère des volumes d’échantillon allant de 40 µL à 400 µL, avec des réglages de tension variant de 200 à 3000 V. Il propose à la fois des modes de pulse à décroissance exponentielle et des ondes carrées, offrant ainsi une flexibilité pour différents besoins en électroporation.

·  Neon NXT (Thermo Fisher): Conçu pour des volumes très petits (jusqu’à 10 µL), avec une largeur de pulse et un nombre de pulses personnalisables. Il délivre jusqu’à 2500 V, ce qui le rend très efficace pour électroporer des cellules difficiles à transfecter.

·  Nepa21 (NepaGene): Offre un contrôle précis avec des pulses à haute tension (jusqu’à 2000 V) et à basse tension, capable d’appliquer à la fois des tensions positives et négatives. Il prend en charge des volumes de 10 µL à 100 µL, idéal pour des transfections complexes, y compris des types cellulaires délicats..

Compteur de cellules

C’est un Countess II FL de Thermo Fisher, conçu pour le comptage automatisé des cellules utilisant une lame réutilisable dédiée et une reconnaissance par caméra. Il fonctionne sur des canaux de lumière blanche, de GFP et de Cy5, ce qui le rend polyvalent pour différents types cellulaires. Le système est convivial, avec des seuils d’intensité de détection ajustables, des paramètres de rondeur et de taille pour garantir un comptage cellulaire précis.