Les équipements de la Biofonderie de l’Alliance Sorbonne Université

HPLC-NanoLC-MS

Un spectromètre de masse couplé à une chromatographie liquide haute performance et à une nano-chromatographie liquide, permettant l’analyse ultra-sensible de mélanges complexes. Il offre une séparation fine des peptides et des petites molécules avant leur ionisation et leur détection par spectrométrie de masse. Cet instrument est particulièrement adapté aux approches de protéomique, métabolomique et à l’analyse ciblée ou non ciblée. Sa haute résolution et sa grande précision de masse permettent l’identification et la quantification fiables de composés à très faible abondance. Il constitue un outil clé pour l’étude fonctionnelle des systèmes biologiques.

CD7 microscope confocal

Microscope confocal de dernière génération permettant l’imagerie 3D haute résolution d’échantillons biologiques. Utilise un balayage laser pour éliminer la lumière hors foyer et obtenir des images optiques en coupes fines. Particulièrement adapté pour l’observation de cellules vivantes et l’analyse de structures subcellulaires fluorescentes. Offre une résolution spatiale exceptionnelle et la possibilité d’acquisitions multi-canaux pour le marquage simultané de plusieurs cibles. Idéal pour la microscopie de fluorescence avancée en biologie cellulaire et microbiologie.

Echo 650T transfert de liquide ultrasons

Système de transfert de liquide sans contact utilisant la technologie acoustique pour déplacer des volumes de l’ordre du nanolitre au microlitre. Élimine le besoin de pointes de pipetage, réduisant ainsi les coûts consommables et les risques de contamination croisée. Permet un criblage à haut débit avec une précision exceptionnelle pour la préparation de plaques d’essai et les dilutions en série. Particulièrement utile pour les applications de drug discovery, génomique fonctionnelle et préparation d’échantillons NGS. La technologie acoustique assure une reproductibilité élevée même avec des liquides visqueux ou volatils.

Star V Pipeteur Robotisé

Station de travail robotique modulaire pour l’automatisation des pipetages et manipulations liquides. Équipé de bras robotiques programmables avec têtes de pipetage multicanaux pour traiter simultanément plusieurs échantillons. Permet l’automatisation complète de workflows complexes incluant dilutions, transferts, mélanges et distribution sur plaques. S’intègre avec divers modules périphériques (lecteurs de plaques, incubateurs, stockage automatisé) pour créer des chaînes analytiques complètes. Réduit considérablement les erreurs humaines et augmente le débit dans les laboratoires à forte activité.

Miro Convas

Plateforme collaborative digitale pour la visualisation et la gestion de workflows de laboratoire. Permet de créer des diagrammes interactifs, cartographier les processus expérimentaux et documenter les protocoles en temps réel. Facilite le travail d’équipe avec des fonctionnalités de partage et d’annotation collaborative pour la planification de projets. Intègre des outils de gestion de projet adaptés aux environnements de recherche pour suivre l’avancement des expériences. Améliore la traçabilité et la communication entre membres d’équipe sur des projets complexes.

Séquenceur Nanopore

Séquenceur d’ADN/ARN portable utilisant la technologie des nanopores pour le séquençage en temps réel. Détecte les changements de courant électrique lors du passage des nucléotides à travers des pores protéiques pour identifier les séquences. Génère des lectures ultra-longues (>100 kb) sans amplification préalable, préservant les modifications épigénétiques natives. Offre une grande flexibilité avec des formats de MinION portable à PromethION pour haut débit selon les besoins. Permet le séquençage direct d’ARN et la détection de modifications de bases, révolutionnant la génomique de terrain.

Dispenseur multidrop

Distributeur automatisé de réactifs pour la dispensation rapide et reproductible de volumes identiques dans des plaques multi-puits. Utilise des cartouches jetables à usage unique pour éviter toute contamination croisée entre différents réactifs. Capable de distribuer de quelques microlitres à plusieurs millilitres par puits avec une précision et une répétabilité excellentes. Particulièrement adapté pour l’ajout de tampons, milieux de culture, réactifs d’essai dans des formats 96, 384 ou 1536 puits. Accélère considérablement la préparation de plaques pour criblage, cultures cellulaires et tests enzymatiques.

BlueWasher

Système automatisé de lavage de microplaques par centrifugation inversée pour applications ELISA, immunoessais et criblages cellulaires. Effectue des cycles de lavage précis avec évacuation de surnageant et distribution contrôlées pour éliminer efficacement les réactifs non liés. Programmable pour différents protocoles avec ajustement de volumes, nombre de cycles et temps de trempage. Réduit la variabilité inter-puits et améliore la reproductibilité des résultats par rapport au lavage manuel. Compatible avec plaques 96 et 384 puits, essentiel pour standardiser les étapes de lavage critiques en immunologie.

BTX Gemini x2 96 puits electorporateur

Électroporateur multicanaux permettant la transfection simultanée de 96 échantillons en format plaque. Utilise des impulsions électriques contrôlées pour créer des pores temporaires dans les membranes cellulaires et introduire ADN, ARN ou protéines. Offre des protocoles optimisés pour différents types cellulaires (bactéries, levures, cellules de mammifères, algues) avec contrôle précis de voltage, durée et nombre d’impulsions. Permet un criblage à haut débit de conditions de transformation ou l’édition génomique parallèle de multiples souches. Augmente drastiquement l’efficacité et le débit des expériences de biologie moléculaire nécessitant l’introduction de matériel génétique.

20L Photo-bioreacteur

D’origine de Synoxis Algae, il s’appelle LUCY. C’est un système tubulaire qui utilise la technologie de levage par bulles pour assurer le mélange. Il fonctionne à des températures variant de 15 à 35 °C et est contrôlé en pH par aération de CO2. L’intensité lumineuse peut atteindre jusqu’à 600 µmol/m²/s, avec un régime lumineux personnalisable. La croissance est surveillée à l’aide d’un densimètre à 880 nm.

Emulsiflex

Il provient d’Avestin, modèle C3, et est un homogénéisateur conçu pour briser les cellules en suspension à l’aide d’un système semblable à un presse-française. Il peut fonctionner à des pressions allant jusqu’à 2000 psi, lysant les cellules avec une oxydation minimale, car il n’y a pas de contact avec l’air et avec un échauffement minimal. Le volume de l’échantillon varie de 10 mL à environ 200 mL.

Sélecteur de cellules

Il s’agit de la version à 4 lasers du CytoFLEX SRT de Beckman. Il possède une ouverture de 100 µm, de sorte que les cellules de plus de 50 µm ne sont pas acceptées pour éviter le colmatage. Il trie à partir de tubes de 5 mL (jusqu’à 1 mL est possible) vers une plaque de 96 puits pré-remplie ou 4 tubes. Le tri est basé sur la diffusion avant et latérale, ainsi que sur la fluorescence (Ex : 405, 488, 561, 638 nm / Em : 450/45, 525/40, 585/42, 610/20, 660/10, 675/30, 690/50, 710/50, 712/25, 780/60 nm).

QPCR

Cet équipement est utilisé pour la PCR quantitative basée sur la fluorescence. Il s’agit d’un QFX Opus 96 de Bio-Rad (CH1 : 450-490 nm / 515-530 nm, CH2 : 515-535 nm / 560-580 nm, CH3 : 560-590 nm / 610-650 nm, CH4 : 620-650 nm / 675-690 nm, CH5 : 672-684 nm / 705-730 nm) et il est compatible avec la plupart des fluorophores couramment utilisés.

Opentron

Un robot de pipetage open-source équipé d’une pipette à 8 canaux et de 11 positions de plateau SBS pour automatiser des protocoles simples et standards. Il est doté d’un système sous vide pour les purifications basées sur des colonnes. Le robot est compatible avec le matériel de laboratoire standard et dispose d’un logiciel flexible, y compris une API Python, ce qui le rend hautement personnalisable. Il peut rapidement remplir une plaque de 96 puits en aussi peu que 22 secondes, garantissant un haut débit pour diverses applications de laboratoire.

Cinétique de fluorescence

Le Walz Imaging PAM Maxi est un système polyvalent pour l’analyse de la fluorescence de la chlorophylle, offrant des informations détaillées sur l’efficacité photosynthétique. Il utilise une longueur d’onde d’excitation de 450 nm et prend en charge l’excitation par impulsion modulée et la lumière actinique pour des mesures photosynthétiques précises. La caméra utilisée est la caméra CCD IMAG-K6, qui dispose d’un capteur de 2/3″ avec une résolution de 1392 x 1040 pixels, offrant une grande sensibilité et une qualité d’image élevée pour l’imagerie de fluorescence. Cet équipement est idéal pour analyser les variations spatiales et temporelles de l’activité photosynthétique.

Sélecteur de colonies

Il s’agit d’un QPIX 420 de Molecular Devices, équipé d’une caméra pour sélectionner des colonies en fonction de la lumière blanche ou de la fluorescence. Il prend en charge différents types d’aiguilles pour s’adapter à différentes textures de colonies et peut re-ensemencer des colonies sur jusqu’à deux plaques de destination, organisées soit en format agar, soit en format 96 puits. Le système détecte la hauteur de l’agar et est compatible avec les Omnitrays et les plaques circulaires de 90 mm.

Biolistique

C’est un Bio-Rad PDS-1000/He, qui propulse des particules d’or de 0,6 µm à haute vitesse sur une plaque de pétri sous vide. Ce système peut être utilisé pour la transformation génétique tant des organites que du noyau. Nous utilisons actuellement des disques de rupture de 1100 psi, mais d’autres options allant de 450 à 1800 psi sont disponibles à l’achat.

Electroporateurs

Nous disposons de plusieurs électroporateurs, allant du classique Gene Pulser II de Bio-Rad au Neon NXT de Thermo Fisher et au Nepa21 de NepaGene. Chaque système possède ses propres caractéristiques spécifiques en termes de capacité de volume, de types de pulse et de réglages de tension, garantissant que l’un d’entre eux répondra à vos besoins.

·  Gene Pulser II (Bio-Rad): Il gère des volumes d’échantillon allant de 40 µL à 400 µL, avec des réglages de tension variant de 200 à 3000 V. Il propose à la fois des modes de pulse à décroissance exponentielle et des ondes carrées, offrant ainsi une flexibilité pour différents besoins en électroporation.

·  Neon NXT (Thermo Fisher): Conçu pour des volumes très petits (jusqu’à 10 µL), avec une largeur de pulse et un nombre de pulses personnalisables. Il délivre jusqu’à 2500 V, ce qui le rend très efficace pour électroporer des cellules difficiles à transfecter.

·  Nepa21 (NepaGene): Offre un contrôle précis avec des pulses à haute tension (jusqu’à 2000 V) et à basse tension, capable d’appliquer à la fois des tensions positives et négatives. Il prend en charge des volumes de 10 µL à 100 µL, idéal pour des transfections complexes, y compris des types cellulaires délicats..

Compteur de cellules

C’est un Countess II FL de Thermo Fisher, conçu pour le comptage automatisé des cellules utilisant une lame réutilisable dédiée et une reconnaissance par caméra. Il fonctionne sur des canaux de lumière blanche, de GFP et de Cy5, ce qui le rend polyvalent pour différents types cellulaires. Le système est convivial, avec des seuils d’intensité de détection ajustables, des paramètres de rondeur et de taille pour garantir un comptage cellulaire précis.